В течение пяти лет после смерти Амира Темура в Маверауннахре произошла длительная династическая война. В 1409 году сын Темура Шахрух (1376-1447) одержал верх над сыном своего брата Мираншаха Халил-Султаном и стал главой единого государства династии Темур. Но на самом деле он уже состоял из двух государств. Шахрух правил в Хорасане с центром в Герате, а сын Шахруха Мирзо Улугбек (1394-1449) управлял Маверауннахром.

Оба государства состояли из маленьких владений, управляемых потомками Темура. Многие из них стремились "на большую часть пирога", притворяясь на большую часть. Внук шахрухов Султан-Мухаммед, назначенный править Ираном, начал демонстрировать такой уровень независимости, что шахруху пришлось установить порядок с помощью своей армии. Улугбек проводил независимую внешнюю политику. Он внимательно следил за ситуацией в Нижней Сырдарье, откуда узбеки Дашти-Кипчака бушевали в Хорезме.

В 1419 году он поддержал Барака и помог ему стать ханом кочевых узбеков. В Монголии после долгих раздоров Ширмухаммед добился победы, но сделал это с помощью Мирзо Улугбека. Но вскоре Улугбеку пришлось бороться со своими протеже (теми, кого он назначил). В 1425 году Улугбек разбил моголов. В 1427 году после того, как отношения с Бараком были испорчены, Улугбек отправился в Нижнюю Сырдарью и потерпел поражение. После смерти Шахрукса в 1447 году Улугбек попытался покорить Герат и Хорасан, но потерпел неудачу. В 1448 году Улугбек со своим сыном Абдуллатифом снова попытался покорить Герат, и на этот раз он оказался успешным.

Однако он не смог покорить Хорасан из-за бунта правителей Хорасана и набегов кочевых узбеков во главе с Абулхаирханом в Маверауннахр. В 1449 году Абдуллатиф завел интригу против своего отца, что закончилось смертью Улугбека. Абдуллатиф стал правителем, но он был убит в мае 1450 года. Абдулла, который пытался возродить политику Улугбека, взял власть.

В противовес Абдулле, которого поддержали турки, эмиры Бухары, поддерживаемые движением Накшбандия Ходжа Ахрором, выдвинули своего собственного претендента на престол. Это был Абу-Сайид (1451-1468), внук Мираншаха, который был сыном Амира Темура. Абу-Сайид привлек на свою сторону хана узбекских узбеков - Абулхаира. Летом 1451 года недалеко от Самарканда произошла великая битва. Кочевые узбеки победили, Абдулла был убит. Абу-Сайид захватил власть над Самаркандом и Маверауннахром.

Ходжа Ахрор стал его ближайшим советником. Абу-Сайиду не удалось обезопасить Хорасана, потому что Абул-Касим Бобур владел троном Герата с 1452 по 1457 год. Отношения между двумя правителями были враждебными. В 1457 году Абу-Сайид захватил трон Герата, временно объединив два государства. Но другой потомок Темура - султан Хусейн Бойкаро, правнук Омара-Шейха, который был сыном Амира Темура, - попытался получить власть в Герате. В 1468 году Абу-Сайид отправился покорять Иран и не вернулся. Султан Хусейн (1469-1506) использовал ситуацию и захватил власть. Сыновья Абу-Сайида отказались от борьбы за престол и отправились в Маверауннахр. Во второй половине 15 века в Маверауннахре был период политического раскола.

С 1469 по 1494 год султан Ахмед, сын Абу-Сайида, правил в Самарканде (власть фактически находилась в руках религиозного учения Ходжа Ахрор и Накшбандия), султан Али-мирза - в Бухаре, Захириддин Мухаммед Бобур - в Фергане. Именно Бобур оказал яростное сопротивление вторжению кочевых узбеков во главе с Шейбани-ханом. В 1497 году Андижанская армия во главе с Бобуром захватила Самарканд. Весной 1501 года Бобур потерпел неудачу в битве с Шейбаны-ханом на реке Кухак. Бобуру пришлось ехать в Кабул. С 1501 по 1506 годы Шейбаны-хан покорил Самарканд, Ташкент, Кят и Булдумсаз, Ургенч и Балх.

Между тем слабый султан-хусейн не смог оказать серьезного сопротивления Шейбани-хану. Только после того, как Шейбани-хан захватил Хорезм, Султан-Хусейн решил отправиться в путь, но вскоре он умер. В Герате его сыновья Бади аз-Замин и Музаффар Хусейн были назначены преемниками. Разногласия между ними только ускорили падение Герата. В 1507 году Шейбаны-хан покорил Герат.